Taula de continguts
58 les relacions: ADN no codificant, Algorisme, Algorisme de Viterbi, Algorisme genètic, Alineament de seqüències, Arbre filogenètic, Avantpassat comú, Àcid desoxiribonucleic, Àcid ribonucleic, Benchmark, Benchmarking, Bibcode, Biologia computacional, Cladística, Clustal, Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction, D-Wave Systems, Deleció, Descomposició de Benders, DOI, Domini proteic, Empalmament, European Bioinformatics Institute, European Molecular Biology Laboratory, Evolució, Exó, Factor de transcripció, FASTA, Filogènia molecular, Filogenètica computacional, Graf (matemàtiques), Heurística, HMMER, Homologia (biologia), Jalview, Llevat de cervesa, Matriu de substitució, Model ocult de Màrkov, Molecular Phylogenetics and Evolution, Mostreig de Gibbs, Mutació (algorisme genètic), Mutació puntual, Neighbor-joining, NP-complet, Optimització matemàtica, Ordinador quàntic, Pirimidina, Predicció de l'estructura de les proteïnes, Programació dinàmica, Proteïna, ... Ampliar l'índex (8 més) »
ADN no codificant
En genètica, l'ADN no codificant és l'ADN que no conté instruccions per fabricar proteïnes.
Veure Alineament múltiple de seqüències і ADN no codificant
Algorisme
nombres primers Un algorisme (o, alternativament, algoritme) és un conjunt finit d'instruccions o passos que serveixen per a executar una tasca o resoldre un problema.
Veure Alineament múltiple de seqüències і Algorisme
Algorisme de Viterbi
Una demostració animada de l'algorisme de Viterbi, basat en el model HMM L'algorisme de Viterbi és un mètode de programació dinàmica per obtenir la màxima estimació de probabilitat a posteriori de la seqüència més probable d'estats ocults —anomenat camí de Viterbi— que dóna lloc a una seqüència d'esdeveniments observats, especialment en el context de les fonts d'informació de Markov i model ocult de Màrkov (HMM).
Veure Alineament múltiple de seqüències і Algorisme de Viterbi
Algorisme genètic
Un algorisme genètic (GA, de l'anglès Genetic Algorithm) és una tècnica de cerca utilitzada en informàtica per a trobar solucions aproximades a problemes d'optimització i recerca.
Veure Alineament múltiple de seqüències і Algorisme genètic
Alineament de seqüències
Un alineament de seqüències en bioinformàtica és una forma de representar i comparar dues o més seqüències o cadenes d'ADN, ARN, o estructures primàries proteiques per ressaltar les seves zones de similitud, que podrien indicar relacions funcionals o evolutives entre els gens o proteïnes consultades.
Veure Alineament múltiple de seqüències і Alineament de seqüències
Arbre filogenètic
Fig. 1: Arbre arrelat per als gens ARNr. Els noms científics en llatí apareixen en cursiva. Un arbre filogenètic és un arbre que mostra les relacions evolutives entre diverses espècies o altres entitats que es creu que van tenir una descendència comuna, com per exemple per les llengües.
Veure Alineament múltiple de seqüències і Arbre filogenètic
Avantpassat comú
Avantpassat comú és el terme usat per descriure a l'ésser viu o espècie del qual descendeixen dues o més espècies, o de l'ésser viu del qual descendeixen dos o més éssers vius dins d'una espècie.
Veure Alineament múltiple de seqüències і Avantpassat comú
Àcid desoxiribonucleic
Làcid desoxiribonucleic (ADN, conegut igualment per la sigla anglesa DNA) és una molècula composta de dues cadenes de polinucleòtids enrotllades al llarg d'un eix comú que formen una doble hèlix amb les instruccions genètiques per al desenvolupament, el funcionament, el creixement i la reproducció de tots els organismes coneguts i molts virus.
Veure Alineament múltiple de seqüències і Àcid desoxiribonucleic
Àcid ribonucleic
Comparació de l'ARN amb l'ADN (en anglès) L'àcid ribonucleic (ARN, conegut igualment per la sigla anglesa RNA) és una molècula polimèrica que té un paper fonamental en la codificació, la descodificació, la regulació i l'empalmament dels gens.
Veure Alineament múltiple de seqüències і Àcid ribonucleic
Benchmark
El benchmark és un índex de referència que serveix per mesurar el rendiment d'un sistema, una organització o component d'aquest, per comparar-lo amb altres sistemes o organitzacions que tenen el mateix objectiu.
Veure Alineament múltiple de seqüències і Benchmark
Benchmarking
El benchmarking és un anglicisme que, en les ciències de l'administració d'empreses, es pot definir com un procés sistemàtic i continu per avaluar comparativament els productes, serveis i processos de treball en organitzacions.
Veure Alineament múltiple de seqüències і Benchmarking
Bibcode
El Bibcode és un identificador usat per nombrosos sistemes de dades astronòmiques per especificar les referències bibliogràfiques.
Veure Alineament múltiple de seqüències і Bibcode
Biologia computacional
La biologia computacional és una disciplina que es basa en l'ús d'eines informàtiques aplicades al camp de la biologia.
Veure Alineament múltiple de seqüències і Biologia computacional
Cladística
Aquest cladograma mostra la relació entre diversos grups d'insectes. En alguns cladogrames, la longitud de les línies horizontals indica el temps passat des de l'últim ancestre comú. La cladística (del grec κλάδος, klados.
Veure Alineament múltiple de seqüències і Cladística
Clustal
Clustal és un programa d'ordinador àmpliament utilitzat per a l'alineament múltiple de seqüències.
Veure Alineament múltiple de seqüències і Clustal
Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction
superposades (gris columnes C alfa) del CASP8 Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP) ("avaluació crítica de les tècniques per la predicció estructural proteica") és un experiment mundial comunitari per la predicció estructural proteica que es duu a terme cada dos dos anys des del 1994.
D-Wave Systems
D-wave Systems, Inc. és una empresa privada de computació quàntica, amb seu a Burnaby, British Columbia, Canadà.
Veure Alineament múltiple de seqüències і D-Wave Systems
Deleció
Deleció d'un cromosoma. Una deleció genètica és una alteració genètica en la que una part d'una seqüència d'àcids nucleics, ja sigui en un cromosoma, plasmidi o ARN missatger entre d'altres, s'ha perdut.
Veure Alineament múltiple de seqüències і Deleció
Descomposició de Benders
La descomposició de Benders (anomenada en honor de Jacques F. Benders) és una tècnica en programació matemàtica que permet obtenir la solució de problemes de programació lineal que tenen una estructura de bloc especial.
Veure Alineament múltiple de seqüències і Descomposició de Benders
DOI
DOI (de l'anglès Digital Object Identifier) és una entitat en una xarxa digital.
Veure Alineament múltiple de seqüències і DOI
Domini proteic
Proteïna amb set dominis diferents. Cada color correspon a un domini diferent. Un domini proteic és una agrupació globular de cadenes polipeptídiques que forma una regió molt conservada d'una proteïna, i que té una estructura terciària que pot existir, funcionar i evolucionar independentment de la resta de la cadena peptídica.
Veure Alineament múltiple de seqüències і Domini proteic
Empalmament
introns (en blau) abans de ser processada i a sota després del procés d'empalmament. Diagrama il·lustratiu de la bioquímica en dos passos de l'empalmament L'empalmament (sovint anomenat erròniament amb l'anglicisme splicing) és el procés postranscripcional (i pretraduccional) mitjançant el qual les seqüències intròniques són eliminades del pre-ARNm i els exons que els separaven són units entre ells per formar l'ARNm madur que serà traduït a proteïna.
Veure Alineament múltiple de seqüències і Empalmament
European Bioinformatics Institute
LEuropean Bioinformatics Institute (Institut Europeu de Bioinformàtica, en català) és un centre de recerca de bioinformàtica que forma part del European Molecular Biology Laboratory (Laboratori europeu de biologia molecular, en català) i que està ubicat a Hinxton, Anglaterra.
Veure Alineament múltiple de seqüències і European Bioinformatics Institute
European Molecular Biology Laboratory
El European Molecular Biology Laboratory o EMBL (Laboratori europeu de biologia molecular, en català) és una institució pública de recerca de biologia molecular finançada pels països membres de la Unió Europea.
Veure Alineament múltiple de seqüències і European Molecular Biology Laboratory
Evolució
L'evolució és el procés segons el qual els caràcters hereditaris d'una població d'organismes canvien amb el pas de les generacions.
Veure Alineament múltiple de seqüències і Evolució
Exó
introns s'eliminen i els exons es connecten. En un gen, un exó és cada un dels segments d'ADN que es transcriuen i no són eliminats en la maduració de l'ARN missatger ARNm.
Veure Alineament múltiple de seqüències і Exó
Factor de transcripció
En el camp de la biologia molecular, un factor de transcripció és una proteïna que s'uneix a seqüències d'ADN específiques i controla la transferència (o transcripció) de la informació genètica de l'ADN a l'ARNm.
Veure Alineament múltiple de seqüències і Factor de transcripció
FASTA
FASTA és un programa informàtic d'alineament d'àcids desoxiribonucleics (ADN) i proteïnes descrit inicialment com a FASTP per David J. Lipman i William R. Pearson el 1985 en l'article.
Veure Alineament múltiple de seqüències і FASTA
Filogènia molecular
La filogènia molecular, també coneguda com a sistemàtica molecular, és l'ús de l'estructura de les molècules per a obtenir informació sobre les relacions evolutives dels organismes.
Veure Alineament múltiple de seqüències і Filogènia molecular
Filogenètica computacional
Arbre filogenètic arrelatArbre filogenètic sense arrel La filogenètica computacional (Computational phylogenetics en anglès) és l'aplicació de mètodes i programes d'algorismes computacionals a les anàlisis de la filogenètica.
Veure Alineament múltiple de seqüències і Filogenètica computacional
Graf (matemàtiques)
Representació d'un graf etiquetat, amb 6 vèrtexs i set arestes En teoria de grafs, un graf és una representació abstracta d'un conjunt d'objectes on alguns parells dels objectes estan connectats per enllaços.
Veure Alineament múltiple de seqüències і Graf (matemàtiques)
Heurística
Lheurística és una forma de treball per resoldre problemes, aprendre, o fer descobriments que utilitza mètodes pràctics que no garanteixen una solució òptima o perfecta, però que són suficients per als objectius immediats.
Veure Alineament múltiple de seqüències і Heurística
HMMER
HMMER és un paquet de programari lliure utilitzat per a l'anàlisi de seqüències creat per Sean Eddy.
Veure Alineament múltiple de seqüències і HMMER
Homologia (biologia)
Carl Gegenbaur: Homologia entre membres anteriors (1870) En l'estudi comparatiu dels éssers vius, l'homologia és la relació que existeix entre dues parts orgàniques diferents quan els seus determinants genètics tenen el mateix origen evolutiu.
Veure Alineament múltiple de seqüències і Homologia (biologia)
Jalview
Jalview és una aplicació de programari bioinformàtic que s'utilitza per a visualitzar i editar alineaments múltiples de seqüències.
Veure Alineament múltiple de seqüències і Jalview
Llevat de cervesa
El llevat de cervesa (Saccharomyces cerevisiae) és un llevat del grup dels ascomicets.
Veure Alineament múltiple de seqüències і Llevat de cervesa
Matriu de substitució
En termes de bioinformàtica i biologia evolutiva, una matriu de substitució descriu la velocitat a la qual un caràcter en una seqüència de nucleòtids o en una seqüència de proteïnes és canviat per altres caràcters al llarg del temps evolutiu.
Veure Alineament múltiple de seqüències і Matriu de substitució
Model ocult de Màrkov
Exemple de transició d'estats en un model ocult de Màrkov ''x'' — estats ocults ''y'' — eixides observables ''a'' — probabilitats de transició ''b'' — probabilitats d'eixida Un model ocult de Màrkov o HMM (per les seves sigles de l'anglès, Hidden Markov Model) és un model estadístic en el qual s'entén que el sistema a modelar és un procés de Màrkov de paràmetres desconeguts.
Veure Alineament múltiple de seqüències і Model ocult de Màrkov
Molecular Phylogenetics and Evolution
Molecular Phylogenetics and Evolution és una revista científica amb avaluació d'experts publicada des del 1992 per Elsevier.
Veure Alineament múltiple de seqüències і Molecular Phylogenetics and Evolution
Mostreig de Gibbs
En estadístiques, el mostreig de Gibbs o un mostrejador de Gibbs és un algorisme de la cadena de Markov Monte Carlo (MCMC) per obtenir una seqüència d'observacions que s'aproximen a partir d'una distribució de probabilitat multivariant especificada, quan el mostreig directe és difícil.
Veure Alineament múltiple de seqüències і Mostreig de Gibbs
Mutació (algorisme genètic)
En els algorismes genètics, una mutació és un operador genètic utilitzat per mantenir la diversitat genètica d'una generació d'una població de cromosomes a la següent.
Veure Alineament múltiple de seqüències і Mutació (algorisme genètic)
Mutació puntual
Mutacions puntuals Una mutació puntual és una mutació genètica en què es canvia, s'insereix o s'elimina una única base de nucleòtids d'una seqüència d'ADN o ARN del genoma d'un organisme.
Veure Alineament múltiple de seqüències і Mutació puntual
Neighbor-joining
El neighbour joining (unió de veïns) és un mètode d'elaboració d'arbres de dades filogenètiques i s'ha extret de la bioinformàtica.
Veure Alineament múltiple de seqüències і Neighbor-joining
NP-complet
En complexitat computacional, el conjunt de problemes NP-complet, que son els problemes que pertanyen tant a NP com a NP-hard.
Veure Alineament múltiple de seqüències і NP-complet
Optimització matemàtica
En matemàtiques, estadística, ciències empíriques, ciències de la computació o economia, l'optimització matemàtica (també dita optimització o programació matemàtica) és la selecció del millor element (respecte d'un criteri determinat) entre un conjunt d'elements disponibles.
Veure Alineament múltiple de seqüències і Optimització matemàtica
Ordinador quàntic
IBM Q System One (2019), el primer ordinador quàntic comercial basat en circuits. Un ordinador quàntic és un dispositiu de càlcul que fa ús dels fenòmens específics de la mecànica quàntica, tals com la superposició i l'entrellaçament, per executar operacions sobre dades.
Veure Alineament múltiple de seqüències і Ordinador quàntic
Pirimidina
La pirimidina és un compost orgànic, semblant al benzè, però amb un anell heterocíclic: dos àtoms de nitrogen substitueixen al carboni a les posicions 1 i 3.
Veure Alineament múltiple de seqüències і Pirimidina
Predicció de l'estructura de les proteïnes
La predicció de l'estructura de les proteïnes és la predicció o càlcul de l'estructura tridimensional d'una proteïna a partir de la seva seqüència d'aminoàcids, és a dir, la predicció de les seves estructures secundària i terciària a partir de la seva estructura primària.
Veure Alineament múltiple de seqüències і Predicció de l'estructura de les proteïnes
Programació dinàmica
Dins de l'entorn de la informàtica, la programació dinàmica és un mètode per a reduir el temps d'execució d'un algorisme mitjançant la utilització de subproblemes superposats i subestructures òptimes, com es descriu a continuació.
Veure Alineament múltiple de seqüències і Programació dinàmica
Proteïna
Representació tridimensional de la mioglobina, que mostra acolorides les hèlix alfa. L'estructura d'aquesta proteïna va ser la primera que Max Perutz i Sir John Cowdery Kendrew van resoldre per cristal·lografia de raigs X l'any 1958, fet pel qual van rebre el Premi Nobel de Química de l'any 1962.
Veure Alineament múltiple de seqüències і Proteïna
PubMed
PubMed és un motor de cerca gratuït per a accedir al MEDLINE, una base de dades bibliogràfiques de citacions i resums d'articles de recerca en biomedicina i ciències de la vida.
Veure Alineament múltiple de seqüències і PubMed
PubMed Central
PubMed Central (PMC) és el repositori digital obert que arxiva els articles de la base de dades PubMed, hereva de MEDLINE, que són accessibles a text complet de manera lliure; articles, per tant, de biomedicina i ciències de la vida.
Veure Alineament múltiple de seqüències і PubMed Central
Purina
Estructura química de l'adenina Estructura química de la guanina Les purines són uns compostos orgànics bicíclics, és a dir, formats per dos anells units entre si.
Veure Alineament múltiple de seqüències і Purina
Recuita simulada
La recuita simulada (simulated annealing en anglès) és una tècnica de cerca utilitzada en informàtica o aplicacions d'intel·ligència artificial per trobar solucions aproximades a un problema d'optimització.
Veure Alineament múltiple de seqüències і Recuita simulada
T-Coffee
T-Coffee (Tree-based Consistency Objective Function For alignment Evaluation) és una aplicació bioinformàtica utilitzada per a l'alineament múltiple de seqüències que utilitza un algorisme progressiu avaluat mitjançant la consistència emprant una llibreria d'alineaments.
Veure Alineament múltiple de seqüències і T-Coffee
Temps polinòmic
En teoria de complexitat, temps polinòmic es refereix al temps de computació d'un problema on el temps, m(n), no és major que una funció polinòmica de la mida del problema, n. Donada qualsevol màquina abstracta tindrà una classe de complexitat corresponent als problemes que es poden resoldre en temps polinòmic en dita màquina.
Veure Alineament múltiple de seqüències і Temps polinòmic
Traducció (genètica)
Diagrama de la traducció d'ARNm i la síntesi de proteïnes pel ribosoma (en verd) Traducció (en anglès; translation) en la biologia molecular i la genètica és el tercer estadi de la biosíntesi proteica (part del procés de l'expressió gènica).
Veure Alineament múltiple de seqüències і Traducció (genètica)
UPGMA
UPGMA (Unweighted Pair Group Method with Arithmetic mean) és el nom en anglès d'un algorisme d'agrupament jeràrquic (clustering).
Veure Alineament múltiple de seqüències і UPGMA